A Unifesp tem Empresa Junior?

Sim, você pode consultar quais as Empresas Juniores da Unifesp aqui.

Como cadastrar uma Empresa Júnior na Unifesp?

O fluxo administrativo é realizado pela PROEC e você pode consultar as orientações aqui. 

A Agits tem alguma estrutura física para incubar as empresas que estão começando?

Não dispomos de tal estrutura. Pela Política de Inovação da Unifesp, a criação de incubadoras tecnológicas é iniciada nos campi da Unifesp.