As origens do Departamento de Bioquímica remontam a 1940 (poucos anos depois da fundação da Escola Paulista de Medicina), quando se formou uma unidade composta pelas Cátedras de Bioquímica e de Farmacologia, então ocupadas pelos Profs. Dr. José Leal Prado e José Ribeiro do Valle, respectivamente.
Iniciavam-se, também, as atividades de pesquisa científica na Escola Paulista de Medicina, em uma sala vizinha à farmácia do Hospital São Paulo. Em 1957, foram inaugurados os “Laboratórios de Bioquímica e Farmacologia” no edifício hoje chamado “Edifício José Leal Prado”. Em 1965, com a reforma universitária no Brasil e a criação da estrutura departamental, surgiu o “Departamento de Bioquímica e Farmacologia”.
Este Departamento teve enorme crescimento, especialmente após a vinda do Prof. C. P. Dietrich, em 1970, e a criação do Programa de Pós-Graduação em Biologia Molecular, em 1971. Em virtude desse crescimento e da expansão das linhas de pesquisa existentes, em 1983 o Departamento de Bioquímica e Farmacologia se dividiu em “Departamento de Bioquímica” e “Departamento de Farmacologia”.
O Departamento de Bioquímica incluía 4 (quatro) Disciplinas: Biologia Molecular, Bioquímica, Química Analítica, Química Orgânica. Em 1994, por ocasião da transformação da Escola Paulista de Medicina na Universidade Federal de São Paulo, os órgãos diretores da Instituição pediram aos Departamentos que procurassem reduzir o número de suas Disciplinas. O Departamento de Bioquímica atendeu a este pedido e, desde 1995, tem duas Disciplinas: Biologia Molecular e Bioquímica.