O curso de Engenharia Química da Universidade Federal de São Paulo (UNIFESP campus Diadema) iniciou suas atividades acadêmicas, no período integral, no primeiro semestre do ano de 2007, e no período noturno, no primeiro semestre de 2010, com o oferecimento de 50 vagas em cada período. Em 2011, após a formação da primeira turma, o curso foi avaliado pelo Ministério de Educação (MEC) e obteve Conceito de Curso 3, sendo que um dos pontos destacado pela comissão avaliadora foi a carga horária excessiva do curso (acima da média de outros cursos nacionais). Após 7 anos de atividades na área de ensino, pesquisa e extensão, os docentes do curso de Engenharia Química, impulsionados pela maturidade profissional, experiência pedagógica e avaliação do MEC, iniciaram no final de 2012, junto ao Núcleo Docente Estruturante (NDE) do curso de Engenharia Química, um trabalho de avaliação da matriz curricular do período integral e noturno. Todas estas atividades eram consolidadas e discutidas dentro do Setor de Engenharia, que era inserida no Departamento de Ciências Exatas e da Terrra (DCET).
Em 2013 houve a extinção do Ciclo Básico, sendo necessária a adequação e atualização da matriz do curso de Engenharia Química. Além disso, a atualização seria necessária para a redução de carga horária do curso e para atender os relatórios de avaliação do INEP/MEC. A proposta de atualização da matriz foi apresentada pelo Núcleo Docente Estruturante (NDE) do curso de Engenharia Química em 2016. As mudanças proporcionaram uma nova matriz curricular, o processo de sua implementação e a atualização do projeto pedagógico do curso de Engenharia Química de forma a atender às determinações legais materializadas nas Diretrizes Curriculares Nacionais (DCNs), resoluções e pareceres do Conselho Nacional de Educação (CNE), pelas normas institucionais e pelos princípios estabelecidos no Projeto Pedagógico Institucional (PPI) da Universidade Federal de São Paulo.
Desde 2014 com a entrada de novos docentes e verificando o crescimento inevitável da Engenharia como uma área de conhecimento extremamente diversificada, iniciou-se as discussões para proposição da criação do Departamento de Engenharia Química (DEQ), visando requerer uma estrutura organizacional que facilitaria a interação entre os Departamentos da Unifesp e a tomada de decisões relativas ao ensino, pesquisa e extensão, não apenas na Engenharia Química.
Deste modo o Departamento de Engenharia Química foi oficialmente criado em 2016, englobando as atividades do antigo Setor de Engenharia da Unifesp. A Chefia do Departamento de Engenharia Química está representada atualmente pela Profa. Dra. Cristiane Reis Martins, desde dezembro de 2016.