No ano de 2007, o campus Diadema foi oficialmente implantado em uma região de alta densidade industrial, que, ao mesmo tempo, abriga área preservada da Mata Atlântica e parte da represa Billings. Neste momento, apenas dois departamentos foram criados: o Departamento de Ciências Biológicas (DCB) e o Departamento de Ciências Exatas e da Terra (DCET), reunindo inicialmente 40 docentes entre químicos, geólogos, farmacêuticos, engenheiros, físicos e matemáticos. Com o crescimento e expansão do campus, novos cursos foram criados e mais profissionais foram contratados, mostrando um adensamento grande de docentes com perfis e linhas de trabalho similares. Devido a essa expansão, foi criado o Instituto de Ciências Ambientais Químicas e Farmacêuticas (ICAQF), o qual contava com 48 químicos. Nesse cenário, a criação do Departamento de Química (DQ) tornou-se uma necessidade, a fim de permitir a melhor administração dos nossos cursos e interesses, visando ainda melhorar a interação entre os docentes e discentes das seis subáreas associadas (Ambiental, Analítica, Ensino, Físico-Química, Inorgânica e Orgânica) e, por fim, permitir a realização de trabalhos de pesquisas em parcerias cada vez mais consistentes.
Diante do crescimento expressivo, com a presença de diversas áreas de conhecimentos, fez-se necessário uma reorganização dos setores e departamentos, a fim de melhor adequar os saberes em unidades apropriadas. Com este anseio, a comissão organizadora do 1º Workshop do Setor de Química (I WSQ), ocorrido em 13 e 14 de dezembro de 2013, iniciou a ideia da criação de um novo departamento, o Departamento de Química (DQ). Os docentes do antigo setor de química concordaram que a estrutura organizacional do Campus Diadema, à época, prejudicava a integração, interação e principalmente a comunicação entre as diversas áreas da química. A discussão foi aberta em uma mesa redonda durante o WSQ, tendo como foco a união dos docentes vinculados ao setor de química. O DQ da Universidade Federal de São Paulo (UNIFESP), campus Diadema, seria uma das unidades acadêmicas do ICAQF, sendo regido pelas disposições do Estatuto e Regimento Geral da UNIFESP e pelo Regimento de nosso instituto.
Naquele momento, o futuro DQ seria composto por 48 docentes que contemplavam as subáreas de Química Analítica, Química Orgânica, Química Inorgânica e Físico-Química, todos doutores e a maioria com experiência em pós-doutorado. Os cursos de graduação em Química possuíam 108 Unidades Curriculares (UCs), entre obrigatórias e eletivas, ministradas por seus docentes, além de UCs compartilhadas com outros cursos.
Dada à destacada atuação que o antigo Setor de Química sempre apresentou na implementação do nosso campus, na formação de recursos humanos, bem como desempenhando atividades de gestão e extensão, em 2014, uma comissão de docentes iniciou a elaboração do projeto que permitiu a criação do DQ em 01 de novembro de 2016, juntamente com outros cinco departamentos. No dia 12 de dezembro de 2016, após consulta eleitoral aos docentes do antigo Setor de Química, os professores Daniel Rettori e Thiago André Moura Veiga, foram eleitos chefe e vice-chefe do DQ, respectivamente. No entanto, devido à falta de benefícios de Função Gratificada adequados para o desempenho das atividades de chefia, apenas em 16 de novembro de 2017 o departamento foi administrativamente oficializado. Hoje, nosso departamento conta com 52 docentes divididos em 6 áreas (Analítica, Ambiental, Ensino de Química, Inorgânica, Físico-química e Orgânica).