O NPR é um órgão técnico e consultivo vinculado à Reitoria, constituído especificamente com vistas à execução e manutenção do plano de proteção radiológica da UNIFESP, e tendo como finalidades no âmbito institucional promover condições seguras na utilização das radiações ionizantes nas atividades de assistência, pesquisa e ensaios acadêmicos institucionalizados.
O NPR foi criado em 1997 por meio da Portaria 217, atendendo solicitação da Comissão Nacional de Energia Nuclear (CNEN) (Resolução CNEN 27/04, publicada em 06/01/2005). Seu escopo de atuação foi atualizado pela Portaria Reitoria 2829/2017.