A Disciplina de Cirurgia Pediátrica da Escola Paulista de Medicina foi criada em 3 de outubro de 1973, sendo o Prof. Dr. José Pinus seu fundador e primeiro Professor Titular.
Em abril de 1995 foi criado o Curso de Pós-Graduação em Cirurgia Pediátrica, o primeiro do Brasil na especialidade, e em 18 de agosto do mesmo ano, inaugurada a casa da Cirurgia Pediátrica, onde se concentram os diversos setores do ambulatório, a pós-graduação e demais atividades administrativas.
Após a aposentadoria do Prof. Dr. José Pinus, em fevereiro de 1996, foi eleito para substituí-lo o Prof. Dr José Luiz Martins, que respondeu pela chefia até março de 2005, a partir desta data até março de 2009 assumiu a chefia da Disciplina o Prof. Dr. Jaques Pinus, e a partir de março de 2009, o Prof. Dr. José Luiz Martins, foi eleito para o próximo biênio