Desde a gestão do Prof. Dr. Fernando José de Nóbrega (1979-1985), o Departamento de Pediatria identificou a necessidade da criação de uma unidade assistencial voltada para o atendimento integral das crianças e adolescentes. O planejamento do Instituto de Pediatria foi iniciado em 1981 e teve continuidade nas gestões do Prof. Dr. Benjamin Israel  Kopelman (1985-1988)  e Prof. Dr. João Tomás de Abreu Carvalhaes (1988-1994).
 
O primeiro projeto não chegou a ser implantado e na gestão do Prof. Dr. Ulysses Fagundes Neto (1997-2003) o planejamento do Instituto de Pediatria foi reiniciado. A imagem mostra a maquete do projeto que foi apresentada na cerimônia de lançamento da pedra fundamental do Instituto.
 
A Profa. Dra. Rosana Fiorini Puccini (2003-2009) deu continuidade ao planejamento do Instituto de Pediatria e realizou um grande esforço para a manutenção da cessão do terreno da Rua Doutor Diogo de Faria, onde o instituto seria construído, tendo obtido sucesso nessa ação.
 
Na gestão do Prof. Dr. Mauro Batista de Morais (2009 – 2015), período em que o Prof. Dr. Paulo Augusto de Lima Pontes era Diretor do Campus São Paulo e o Prof. Dr. Walter Manna Albertoni era reitor da universidade, fomos informados que o Instituto de Pediatria não poderia mais ser construído no terreno da Rua Doutor Diogo de Faria.
No entanto, os professores Paulo Pontes e Walter Albertoni afirmaram que o Instituto de Pediatria estava inserido nos planos de verticalização da universidade e da construção do bairro universitário e destinaram uma nova área para o instituto, localizada entre a Rua Pedro de Toledo, Rua dos Otonis e Rua Varpa (imagem à esquerda). A cessão dessa área foi aprovada em reunião do Conselho do Campus São Paulo em 12/07/2011 e posteriormente confirmada na gestão da Profa. Dra. Rosana Fiorini Puccini na Diretoria do Campus São Paulo.