A missão do CEE é propiciar estrutura e ambiente científico favoráveis para a formação de pesquisadores nas áreas de etnofarmacologia e etnobotânica.
Desenvolvendo conhecimentos científicos que valorizem a flora e fauna nacional; possibilitando sua proteção ampla e o desenvolvimento de novos compostos ativos, bem como novas possibilidades de utilização da flora, dentro dos paradigmas modernos de sustentabilidade, legalidade e ética.
Valorizando o saber acumulado da relação homem e meio-ambiente; buscando o embasamento científico para as práticas da medicina tradicional com uma melhor compreensão de seus riscos e limitações, e um maior conhecimento a respeito da flora e suas diversas potencialidades de uso, além da medicinal.
Além disso, o CEE tem como premissa a realização de colaborações com grupos de pesquisadores das áreas de botânica, zoologia, farmacologia, antropologia, fitoquímica, veterinária, primatologia e agronomia; a fim de desenvolver estudos com diferentes enfoques a respeito dos recursos animais e vegetais utilizados por diversas culturas.