A Secretaria de Relações Internacionais tem como missão coordenar e apoiar as atividades de cooperação internacional da Universidade Federal de São Paulo. Criada em dezembro de 2006 pela Fundação de Apoio à UNIFESP com o objetivo de prestar assessoria a Relações Internacionais, em fevereiro de 2009, através da Portaria nº 432/2009, passou a ser um órgão Assessor da Reitoria.
Em 2011, com o novo Regimento Geral, passou à condição de Secretaria de Relações Internacionais com as seguintes atribuições:
- Coordenar e apoiar as atividades de cooperação internacional da Unifesp, segundo orientação dos colegiados centrais;
- Fornecer informações atualizadas sobre os programas de educação e mobilidade para docentes, discentes e pesquisadores;
- Orientar estudantes que desejem realizar um período de estudos no exterior assim como os estudantes estrangeiros que desejem estudar na Unifesp;
- Planejar, orientar, promover e coordenar o processo de planejamento de programas, projetos e atividades internacionais no campo de ação da Unifesp, em articulação com o Ministério das Relações Exteriores;
- Organizar e subsidiar a participação do Reitor ou de seu representante em conferências, assembléias e comitês internacionais